גיא ניר נולד באשדוד וגדל בעיר ימית בסיני, ועם פינוי העיר בשנת 82 עבר למרכז והתגייס לצבא בימי מלחמת לבנון הראשונה. כמו רבים אחרים, למשטרה הגיע לגמרי במקרה. הוא סיים את שירותו הצבאי כקמ"ן חטיבה, עבד בעבודות שונות, בין היתר בתחום האבטחה, וכאשר עבד במוקד שהיה מחובר למשטרה, נחשף לעבודת הבלשים. בעבודה זו החל גם לשמוע לראשונה שמות שלא יאמרו מאומה לבני הדור הנוכחי, אך היו עולם ומלואו עבור חובבי הפלילים במאה הקודמת, כמו האופנובנק, שוגון, והיחידה המרכזית. לבסוף החליט, בגיל 26, להתגייס למשטרה.
בתחילת שנת 91 הוא פנה ללשכת הגיוס וביקש להתגייס ליחידה המרכזית של תל אביב. מפקדת לשכת הגיוס, שקיבלה את פניו במקום, הבהירה לו באופן חד משמעי כי לא יהיה זה צעד נבון בשל גילו ובשל הקידום האיטי הצפוי לו במסלול זה. המלצתה הייתה כי יתגייס למשא"ז ויקבל מיידית דרגות קצונה, כך תהיה לדרגתו הצבאית כסרן משמעות, וקידומו יהיה מהיר בהרבה. "היא אמרה לי אתה צעיר, לא מבין משטרה, בוא אני אסביר לך מה משמעות הבחירה שלך. אם תעשה מה שאגיד לך, בגיל 30 אתה תהיה רב פקד במשטרה, דבר שקשה להשיג, ומשם כבר תרוץ לכל כיוון. אבל אם תוותר על דרגות הקצונה, תתחיל בתפקיד בלש בימ"ר כמו כולם, במקרה הטוב בגיל 30 תהיה צוער, ואז תעמוד במגרש המסדרים בשפרעם, בשמש קופחת, תזיע מאד, ותזכה לקבל שם דרגת מפקח משנה".
אבל ניר התעקש על הימ"ר. הוא נשלח לוועדת הקבלה של היחידה, שם פגש לראשונה את מפקד היחידה דאז, יורם רודמן, לימים ראש יאחב"ל ואיתו ישבו המפקדים ביחידה. "באתי עם חולצת קורדורוי שחורה, קצת ערס כזה, שאלו אותי הרבה שאלות, ואז הודיעו לי שאני מתגייס. ככה, ביום שישי בבוקר, 25.4.1991, הגעתי נרגש למשמרת ראשונה לימ"ר, ברחוב דיזינגוף 221".
הוא שובץ למחלק בילוש משימתי, שעסק אז בכל תחום הפשיעה החמורה והאלימה. עד מהרה, גילה כי לא רק במשטרה, אלא גם בתוך הימ"ר, קיימים מעמדות מובחנים היטב: "הבילוש נחשבו חוטבי העצים ושואבי המים של התשאול. למרות זאת לא רציתי להיות בתשאול, אהבתי את הרחובות. היה שלב שבו רצו להעביר אותי לתשאול, וסירבתי להיות עכבר ניאונים.. ברחובות הדברים היו אחרת. שם הייתה לך את התחושה שאתה שריף כזה, ממש נלחם בפשיעה, נחשף, מתחכך, בנרקומנים, שודדים, פורצים. בכל משמרת היינו מגיעים ואומרים יאללה, בואו נלך להילחם בפשע. הייתי 'צעיר' מורעל, מגיע תמיד מוקדם, מארגן הכל, נחוש לעשות דברים חכמים, יעילים, לנקות את הרחובות מפשע".
כעבור שלוש שנים בבילוש יצא לקורס קצינים בשפרעם, ובסיום הקורס נבחר להישאר שם לתפקידי הדרכה בקורסים של שוטרים וקצינים עד שנת 1997. לאחר מכן חזר ליחידה המרכזית, למפלג סמים, אותו תיאר כמקום "עם המון אקשן, המון מקום ליוזמה של בלשים וקצינים". בשנת 2001 קודם לדרגת רפ"ק והפך לראש מחלק סמים בימ"ר. היו אלה שתי ציפורים במכה אחת: הוא הגשים את החלום האישי, וגם הפריך את נבואתה הקודרת של הקצינה בלשכת הגיוס על עתידו המשטרתי, אם כי בעיכוב של כמה שנים.
אך זו הייתה רק תחילת המסלול. בשנת 2001 פורסם מכרז לתפקיד נציג המשטרה בדרום אמריקה. הוא ידע כי סיכוייו מעטים, שכן לרוב נבחרו לנציגי המשטרה בחו"ל קצינים בתפקידים בכירים בהרבה משלו. עם זאת, דרום אמריקה הייתה אטרקטיבית פחות בהשוואה לאירופה וארה"ב, והציעה בעיקר תנאי חיים קשים וסיכון מתמשך. לפיכך, לא רבו הקופצים מצד הקצונה הבכירה על התפקיד, ולאחר שורה של מיונים בידי ועדות באגף המודיעין, מבדקים פסיכולוגיים וביטחוניים וראיונות באנגלית, נבחר לתפקיד.
הוא היה אמור לצאת לתפקיד החדש במהלך שנת 2002, על מנת שתהיה לו שהות למעבר עם משפחתו לשם ותהליך ההתאקלמות, אך אז התרחש הפיגוע במגדלי התאומים, והכל הפך בהול. הוא נדרש להתייצב בקולומביה באופן מיידי כמעט, בראשית פברואר 2002. "הנחו אותי באגף לעלות על מטוס מהר, וללמוד ספרדית עוד יותר מהר. למדתי ספרדית באופן אינטנסיבי מאד, תוך חודש או חודשיים. לקחתי שני מורים במקביל, ואני הייתי מתאם ביניהם ומסביר להם בכל שיעור מה אני יודע ומה לא".
התפקיד בעל השם האקזוטי "נציג משטרת ישראל ב-X", הוא אחד המוכרים פחות בעבודתה. לארגון יש כעשרה נציגים ביבשות השונות, שאחראים על קשר עם המשטרות המקומיות ועסוקים במילוי תפקידים הקשורים בעבודת המשטרה השוטפת, וכל אחת מהנציגויות בעלת מאפיינים שונים ותפקידים שונים. הנציגות אליה נשלח, בדרום אמריקה, חלשה על שטח עצום, שכלל את כל מדינות דרום ומרכז אמריקה. תפקידיו העיקריים שם היו התמודדות עם ייבוא הסמים המיועדים לישראל, איתור ומעצר של עבריינים ישראלים נמלטים שברחו למדינות עימן אין לישראל הסכמי הסגרה, וטיפול בעניינים בהם מעורבים תיירים ישראלים הנוגעים לעבודת המשטרה, כגון איתור נעדרים או חטיפתם של ארבעה ישראלים בקולומביה בשנת 2003.
על מנת לעמוד במועד שקבעה המשטרה לתחילת תפקידו, יצא ניר לדרום אמריקה לבדו, בפברואר 2002, ושירת שם חמש וחצי שנים. בני משפחתו, שהצטרפו אליו כמה שבועות מאוחר יותר, התגוררו לאורך כל התקופה בבניין מאובטח שדמה לבית סוהר, ברובע הדיפלומטי של בוגוטה, ומאבטחים ניצבו בשעריו תדיר 24/7. עם נחיתתו לא הוענקו לו מאה ימי חסד, או אפילו לא מאה שעות, והוא נדרש להתחיל בעבודה מיד, ולפלס את דרכו בסבך הג'ונגל החברתי והפוליטי אליו נקלע. רק אז, גילה עד כמה מורכבים האתגרים הניצבים בפניו. "לאורך כל התקופה, לא טיילתי, לא צללתי, עבדתי. בממוצע, כל שבועיים-שלושה הייתי טס למדינה אחרת, מטפל בפרשה אחרת, כל מדינה והאתגרים שלה. אלה מדינות עולם שלישי, יש הרבה שחיתות, ותזכרי שזו תקופה בלי אינטרנט, בלי ווטסאפ, בלי סמארטפון. אם אני במבצע בברזיל, או במקסיקו, אני כל הזמן צריך לקבל נתונים, או לשלוח נתונים. הייתי נכנס לתאים של אינטרנט בתשלום, מחבר דיסקטים, מתקין מקלדת בעברית, וככה שולח למטה או לעמיתים במדינות אחרות נתונים ותמונות בזמן אמת. 24 שעות ביממה יש פעילות. . המרחקים בין המדינות עצומים. הייתי השריף הישראלי של היבשת, עצרתי המון עבריינים מסוכנים, נמלטים, רוצחים, עברייני מין, המון פרשיות סמים, הפעלתי סוכנים במקומות הכי מפחידים. עשיתי כמה דברים שהיום כנראה לא הייתי מאשר בדיעבד, בגילי המופלג. התבקשתי על ידי ראש אח"מ דאז לפעול בעיר קאלי בקולומביה, עיר עם קרטלים, גרילות, והצלחתי להפעיל סוכנת במבצע מופרע שכלל כניסה לאזור הג'ונגלים. לא ברור לי איך אין לי שיער לבן מהסיפור הזה. זה היה מבצע עם המון אחריות, המון בלגן בתנאים בלתי אפשריים, אבל בסוף הצלחנו לבצע משלוח מבוקר של הסמים לארץ ולעצור את היעדים בישראל. נרקוס ראית? זה היה החיים שלי" בשל הצלחותיו קודם לדרגת סנ"צ בחו"ל.
עבודתו הצריכה אותו לשיתופי פעולה שוטרים מקומיים, אך בהתחשב בטיב המדינות והמשטרות בהן היה מדובר, זה לא היה תמיד קל: "הייתי צריך לשכנע אותם לעבוד בשביל משטרת ישראל, אבל בתנאים שלנו. היו שם שוטרים מקומיים שאמרו לי בנוגע ליעד מסויים 'אם תרצה אני אחסל אותו או אשתיל אצלו סמים', ואמרתי 'בשום אופן לא. תודה, תעבדו לפי החוק שלנו, לפי הסטנדרטים שלנו, לפי לוחות הזמנים שלנו'. ויש כאן המון עניין של קשרים אישיים, עד כמה אתה באמת שוטר, כי שוטר הוא שוטר הוא שוטר בכל מקום בעולם. וזה היתרון שלי, שהייתי שוטר ואיש שטח. ופה באה לידי ביטוי המקצועיות שלך, יכולת ההתחברות שלך לאותם שוטרים מקומיים. הייתי מביא להם וויסקי, מתנות מירושלים, צלחת קרמיקה לאישה, אוכל איתם במסעדות, מפנק אותם. בצהריים הייתי הולך לשר ולמפכ"ל שלהם, על חליפה, ובערב יושב עם הבלשים בניידת כל הלילה. כשאתה רואה מצבים, מנתח נכון, והמהלכים שאתה רוצה עבדו והביאו לתפיסה, אתה מלך אצלם. אתה מלך. הייתי לוקח יחידות שלמות מהרחוב ומצ'פר אותם, אחרי תפיסה גדולה של קוקאין או מעצר מוצלח, אבל אם אתה מפשל… אז אתה חייב להיות מקצועי ומבין עניין. לדעת אחרי מי לעקוב, במה להתמקד. זה היה קשוח. אחרי שנים של עבודה בארץ בצוותים, פעלתי שם לגמרי לבד. במשרד סייעו נהג, מזכירה קולומביאנית, מזכירה ישראלית, וזהו, אלה מי שהיו איתי. בנסיעות ובמבצעים אתה בודד כמו שחקן טניס במגרש ואתה עמוס, אתה עסוק, ואתה לבד. לבד. הכל עליך, לטוב ולרע".
בין הישגיו המרכזיים בתקופה זו הוא מונה את מעצרם של בן סוטחי וארז אקרישבסקי, שניים מהעבריינים המסוכנים ביותר בישראל באותה תקופה, שנשפטו כל אחד ל-18 שנות מאסר בשנת 98, ולמרות שנדונו למאסר ממושך, הצליחו להימלט מישראל בשנת 2001 ונעצרו על ידי ניר במקסיקו ובארגנטינה, ואת מעצר רוצחו של נהג המונית דרק רוט, משה בן אבגי בארגנטינה. כשנחטפו בשנת 2003 ארבעה ישראלים בצפון קולומביה, והוחזקו למעלה ממאה ימים בג'ונגלים על ידי הגרילה, הוא התבקש לייצג את ישראל בחפ"ק הצבאי שהוקם לחילוצם, ומטרתו הייתה לפקח על הצבא הקולומביאני ולוודא שלא יתרחש חילוץ מביך שייכשל ויגבה מחירים כבדים. המחיר האישי ששילם היה כבד: אפס זמן פנוי, והוא מיעט לראות את משפחתו, שנותרה בבוגוטה. כשנולד בנו הקטן בקולומביה "עשינו ברית אצל הרופא, חתכנו עורלה, ואחרי שעה הייתי כבר עם מזוודה על מטוס לברזיל. בתפיסת התפקיד האישית אני טוטאלי. יום אחד דיברתי עם חבר מה-DEA ואמרתי לו שאולי יהיו מי שיאמרו שאני אובססיבי. והוא אמר לי לא, מה פתאם, אתה דדיקייטד, זה שונה".
בשנת 2007 חזר לישראל, ומונה לראש מפלג מודיעין ובילוש ביאח"ה, ובשנת 2009 קודם לדרגת נצ"מ מונה לתפקיד ראש המחלקה לתפקידים מיוחדים בחטיבת המודיעין ובשנת 2011 מונה לתפקיד ומפקד יחידת אתג"ר. נראה שמפקדיו היו שבעי רצון מתפקודו ואף יותר מכך, שכן בשנת 2013 זומן לשיחה בידי המפכ"ל דאז, יוחנן דנינו, שהודיע לו כי מינה אותו לראש חטיבת המודיעין. הוא קיבל את הבשורה המשמחת ברגשות מעורבים. "הופתעתי. התרגשתי וחששתי. ידעתי שזה תפקיד קשה, מאתגר, כפוי טובה". בעת מינויו, אמר לו דנינו כי הוא מצפה ממנו ליישם בחטיבה את ניסיונו המקצועי העשיר בתחום המודיעין בצבא ובמשטרה, ולהוביל בה תהליכי שינוי עמוקים. "אמרתי למפכ"ל, אצטרך שתיתן לי גיבוי למהלכים ויצאתי לדרך".
העיקרון המארגן שהביא עימו ניר לחטיבת המודיעין נלקח בין היתר מניסיונו הצבאי ומהעובדה ששירת בתפקידי מודיעין כל שירותו, אך היה שונה באופיו מן הניסיון שמביאים עימם קצינים אחרים מן הצבא למשטרה. בקורס קציני מודיעין שעשה ניר בצבא, בשנת 1985, היו חלק מן המדריכים בוגרי מלחמת יום כיפור. את ההרצאה שהטביעה בו את החותם העמוק ביותר, נשא אחד מאותם קצינים בוגרי 1973: "אתם עומדים להיות קציני מודיעין בגדודים. מפקד הגדוד הוא סגן אלוף, ואתה סגן משנה זב חוטם, אבל אתה קצין המודיעין. והבכיר יגיד לך אל תבלבל לי את המוח, אני יודע, אני הכי וותיק, הכל בסדר, יש לי ניסיון. ואתה יודע שהקידום שלך תלוי בו, אבל אל תסתום את הפה. לך תהיה היפכא מסתברא. אולי לא תתקדם, אבל תעשה משהו רע אם תשתוק, תהפוך לחלק ממנגנון שמטפח קונספציה ועלול להביא למחדל הבא. ועם המסר הזה, עם התפיסה הזו, לצד ההנחיה של המפכ"ל, עם נעליים גבוהות והבטחה לגיבוי, נכנסתי לתפקיד ראש חטיבת המודיעין".
וזה אכן היה המסר שהביא עימו לתפקיד ראש חטיבת המודיעין. כשנכנס לתפקידו, בחן את כלל מערכי המודיעין במשטרה, שמנו אז כ-5000 איש, וכללו רכזי מודיעין, יחידות עיקוב, בלשים, סוכנים, דסקאים, עוקבים, אנשי מחקר, טכנולוגיה ואת הסיגינט. זה היה מכלול מקצועי אנושי עצום ומורכב, הלכוד בתוך המערכת ההיררכית והשמרנית של המשטרה. נאמן לעקרון ההיפכא מסתברא עוד מאותה הרצאה בצבא, התעקש ניר להאזין לרחשי השטח במלואם, בשפת המקור: "כשמישהו שנמצא למטה מבחינת הדרגה או התפקיד במשטרה, והוא מציע רעיון או מגבש עמדה, עד שזה עולה בכל סולמות הדרגות, מגיע למעלה משהו רזה מאד. אבל למי שנמצא למטה יש חוות דעת סדורה וברורה, הוא רואה את כל המידע, וחשוב לשמוע אותו. לא להסתפק במידע המעובד. לשמוע אותו. אז הנחיתי מיד בהתחלת העבודה שלי בחטיבה שכל שוטר יכול לכתוב מסמך ולהעביר אותו הלאה למעלה. אף אחד לא נוגע ולא עורך שינויים. אם המפקד שלו רוצה להוסיף, להעיר, לכתוב הערה על גב המסמך עצמו, סבבה, אין בעיה, כל עוד אני אחשף לכל קשת הדעות וההערכות, מצוין. למפקדים בחטיבה אמרתי, אל תהיו חותמת גומי, אבל אני רוצה לקבל את חוות הדעת של זה שלמטה, הכי למטה וגם לקבל את עמדתם של אנשי השטח, שהם רצפת הייצור של מערך המודיעין".
גם בנוגע לקשר בין המשטרה לציבור, היו דעותיו חריגות למדי: בשונה מן הסגירות המאפיינת את הארגון על פי רוב, הביא עימו ניר לתפקיד ראש חטיבת המודיעין תפיסת עולם שונה בתכלית, ודגל בשקיפות, פתיחות ושיתוף הציבור כערכי יסוד של המשטרה, אפילו במודיעין. "כתבתי את זה והצעתי את זה בתוך הארגון. כי אם הארגון הזה חפץ חיים, וחפץ באמון הציבור, הוא לא יכול להתנהל כארגון ביון, סגור ומסוגר. תכניס את הקהילה לתהליכי קבלת החלטות. תקים פורומים- קהילתיים, תביא אנשים רציניים מתוך הקהילה, ותשתף אותם בסוגיות מהותיות, במה שמציק. המשטרה תקשיב לקהילה, לנציגיה, לסקרים, למשאלי עם, למנגנונים רבים ושונים. תבין את רחשי הלב של העם. תפעיל אפליקציות של I spy a crime למשל. שהאזרח יכתוב כמה מלים על מה שראה, יעלה תמונה. מישהו מנסה לפרוץ לרכב – תמונה ומיקום. כך נוכל לזהות צרכים. להקשיב. באמת להקשיב לקהילה. שיהיו וועדות מייעצות בקהילה למינויים בכירים. בג"צ כבר קבע 'אין לה לרשות דבר משלה'. הכל צריך להיות בדיאלוג. כשעמדתי בראש חטיבת המודיעין, הצעתי לפיקוד לבנות תחנות משטרה עם קירות זכוכית בחלקים מסוימים, ושתהיה ספריה בכל תחנה, בכניסה אליה, פתוחה לכניסת אזרחים. השוטרים יישבו שם בהפסקת הקפה שלהם, ואזרחים יכנסו לקחת ספרים וייווצרו מפגשים בלתי אמצעיים בין שוטרים לאזרחים באווירה שמעודדת שיח והיכרות הדדית. רציתי שזה יהיה מועדון קהילתי, אבל לא קרחנה. השוטרים לא יצטרכו לשעשע את הנוער, אבל שירגישו שהשוטר הוא גם שלהם. לא השוטר הרע, לא 'אם לא תאכל יבוא שוטר', אלא שיטור קהילתי אמיתי".
בתקופה זו למד להעריך גם את חשיבותם של נתונים לצורך איסוף מידע מודיעיני איכותי. "אני פריק של נתונים. אני אוהב לקחת נתונים, לשאול שאלות, לתחקר אותם, לעסוק בכל התחום של המידענות והמחקר, להשיג מידע. וכשיש המון נתונים, זה חשוב. מוקד 100 למשל הוא רצפת הייצור של משטרת ישראל, והנתונים שלו מדהימים. ממש מדהימים. זה מקום שקורים בו המון דברים, ורק מהנתונים שאתה לוקח שם אפשר לעשות המון דברים. מוקד 100 שימש אותנו להבין מגמות, מאיפה יש יותר קריאות ואלו נושאים ראויים לטיפול. זה היה מאד יעיל, נתן המון מידע שיכולנו להשתמש בו. חשבתי שצריך ליצור שיתוף פעולה הדוק יותר בין מוקד 100, שהוא צד גלוי וחשוב, לבין המודיעין. למשל – כששוטר נקרא לזירה, לא זירת פשע, אלא לעיתים זירה שלווה לכאורה של סכסוך שכנים או הקמת רעש. לפעמים זה מקום שאותו שוטר סיור לא יודע עליו כלום. אין היסטוריה, והמוקד נותן לו רק קריאה יבשה ולא חושף את שוטר הסיור למידע חשוב מאד. אבל אם חי שם לפי המודיעין עבריין מסוכן, ויגיע לשם שוטר עם שח"מ, או מתנדב, והם יקלעו לזירה שבה הם יהיו בסכנת חיים או שתתפתח שם סיטואציה מאד מורכבת. מישהו אלים, עבריין, ראש ארגון פשיעה. והיו שוטרים שהגיעו למקום שבו יש חולה נפש, וזה נגמר במוות אחרי שהשוטרים נאלצו לירות בו. אבל אם הם היו מודעים לסיטואציה מראש והיו מגיעים יותר שוטרים, המוות הזה היה נחסך. כל מיני חיבורים שאמורים לקחת את המידע הגולמי של 100 והמודיעין ולתת לשוטרים בשטח יותר תובנות איך לפעול".
תחביב המידע והמודיעין שלו הוביל אותו לתחנה הבאה בחייו המקצועיים. הוא בנה מדור בחטיבת המודיעין שביקש לצעוד צעד אחד נוסף במאבק בפשע, וליצור מאגר נתונים משותף חכם שיאפשר להשוות נתונים בכל מחוזות המשטרה, ולחשוף דפוסי פשיעה דומים במקומות ובזמנים שונים. "בעבר, דמיון בדפוסים בעבירות שבוצעו במחוזות שונים התגלה רק לעתים נדירות. למשל, אם במקרה שני חוקרים מאזורים שונים התגלגלו לאותו קורס, ואז בשיחה ביניהם גילו שיש לכל אחד מהם תיק חקירה עם אותם מאפיינים – כנופיית גברים ונשים קולומביאנים שמבצעים עבירות שוד והונאה של קשישים, אבל בדרכים מתוחכמות, ובכל הארץ. וזו פשיעה חוצת מחוזות, שבעצם מזהה את הלקונות המשטרתיות, ומנצלת אותן לרעה. המערכת שבנינו הייתה מזהה את הדמיון והדפוסים הדומים ומתריעה לגביהם, בלי שנסמוך על פגישה מקרית של שני חוקרים".
באמצעות המידע שאסף, חתר להקמת מערכת שתדע לנתח נתונים, גורמים, דפוסים ואנומליות, וליצור חיזוי פשיעה. "לא פרופיילינג כמו בסרטים בטלוויזיה, אלא מערכת שלוקחת רשימת של כל החשודים מול תופעת פשיעה, מעבירה אותה סדרה של בדיקות ותיזות ובסופו של תהליך מייצרת חמישה חשודים באחוז סבירות מסוים, ואומרת כמה אחוזים של התאמה היא מעניקה לכל אחד. במקום לבזבז אלפי שעות עבודה של מאות בלשים משך חודשים, המערכת מציפה חמישה חשודים, ומאפשרת ליחידה לבצע פעולות ממוקדות על חמישה אנשים. וזו גם מכונה שלומדת, והיא עוזרת לך להתמקד ולהתייעל". את הטענה כי זו עשויה להיות מערכת שתיצור פרופיילינג מוטה, המושפע מסטראוטיפיים גזעניים ומגדריים, הוא הודף בתשובה כי המערכת היא נקודת מוצא יעילה בתכלית, אך לא מהווה תחליף לגורם האנושי – השוטר בשטח, שבודק את הנתונים המוצעים, את החשודים שמציעה המכונה. אם חקירתם תעלה שאין בסיס לחשד נגדם, ימשכו פעולות החקירה. אך אם ימצאו ראיות נוספות – הרי שיש כאן חיסכון אדיר בזמן, בכוח אדם ומשאבים נוספים. מדור מיוחד שהוקם למטרה זו בתוך חטיבת המודיעין, העסיק סטטיסטיקאי שערך פיילוטים לניתוח ואיתור תבניות פעולה של בלדרי סמים, שודדים סדרתיים, ושל עבריינים נוספים.
עם זאת, כעומק השינויים שעשה, היה גם עומק הביקורת שספג. "ובסופו של דבר, יש מחירים, כי אולי צריך לעשות את הדברים בקצב שונה, או בצורה שונה. כשהייתי אומר שצריך להתחבר לציבור בפייסבוק, כולם בספ"כ הארצי היו נותנים בי מבטים. הייתה הרבה שמרנות וזה לא בא להם טוב. שקיפות ופתיחות הן חובה בארגון שאמור לתת שירות וצריך לשנות את התרבות הארגונית. לאורך כל השירות שלי דיווחתי על כל דבר חריג או על עבירות. בכל פעם שנחשפתי למשהו, דיווחתי, וככה לדעתי חייב לפעול כל שוטר. היו כאלו שהעריכו את זה, היו כאלה שלא. היו כאלה שחשבו שזו חריגה מהקוד הבלתי כתוב. ותרבות ארגונית זה דבר שמצריך חריש עמוק. ידעתי שאשלם מחירים. היה מקרה שדיווחתי על עבירה חמורה שביצע קצין בכיר וכולם אמרו לי שאני מטורף, הקצין הזה יהיה מפכ"ל, ואז הוא יקרע לך את הצורה'. אבל זה לא ריפה את ידיי אף פעם".
בין היתר, הגיש תלונות בתקופת עבודתו במשטרה על אודות עבירות מין של קצינים, על הדלפות לתקשורת מצד מפקדו בימ"ר תל אביב ועל שוטר שדיווח על ימי חופש שלו כעל ימי עבודה. בחשיפת עבירות של שוטרים ראה חלק ממחויבותה של המשטרה לשקיפות, ומנאמנותה לציבור: "אם קצינה יוצאת מהמשרד שלך בוכה, אחרי שסיפרה לך מה קרה לה מידיו של קצין בכיר כמה שנים קודם לכן, מה אני אמור לעשות? להתעלם? זה קשור לשקיפות, לדיווח, שהציבור ירגיש שהוא מאמין בגוף הזה. שלא יחשוש לדווח, וגם להתלונן, ושהמשטרה תגיד או קי, שקיפות אמיתית זה להגיד כנראה שהייתה לנו תקלה, ואנחנו מתכננים לחקור את זה ולהפיק לקחים. לא לתרץ, לא לטייח, לא לחפש פרשנויות, ואז הציבור ידווח לנו הרבה יותר על עבירות, כי הוא ייתן בנו אמון. וככה נראה מה מצב הפשיעה באמת, ולא נסתפק בדיווחים רק על גניבת רכב, בשביל הביטוח. צריך לדווח על הכל, ולהתייעץ עם הציבור. זה בסדר להתלבט, כי אתה מקצוען, רוצה להשתפר. כפי שאמרתי- אין לרשות דבר משלה. היא חיה בזכות אמון הציבור".
רעיונות האלה, וחוסר הנכונות של ניר לפשרות, יצרו עימותים רבים בינו לבין מספר בכירים באגף החקירות והמודיעין במשטרה. עימותים שהגיעו לכותרות העיתונים, לבתי המשפט, והובילו לבסוף לפרישתו מהמשטרה בטריקת דלת. לאחר פרישתו החל לעסוק בייעוץ למשטרות, בעיקר באמריקה הלטינית, שם הוא שוהה פרקי זמן גדולים מאז פרישתו. הוא ממשיך לעסוק בפיתוח מערכות לחיזוי פשיעה, אותן הוא מגדיר "הבייבי שלו", ומקדיש לפיתוחן את עיקר זמנו. עם זאת, הוא חושב שלרעיונותיו המתקדמים יש רלבנטיות מיוחדת בימים קשים אלה, בהם הציבור מבין כי פתיחות רבה יותר והקשבה לקולות העולים מהקולות הזוטרים מלמטה, מהשטח, יכלו למנוע מחיר כה נורא. למרות הדרך בה סיים את שירותו במשטרה, הוא עדיין שומר פינה חמה בליבו לארגון, ואומר "אני עדיין אוהב מאד את המשטרה, את השוטרים. עשיתי בארגון הזה את התפקידים הכי מדהימים שיש, הרגשתי שתרמתי ועשיתי דברים משמעותיים והייתי מוכן לשרת בתפקידים האלה גם אם לא היו משלמים לי משכורת".